El ambiente lacustre en el Valle de México es un ecosistema altamente en peligro de extinción regionalmente, debido a su aridez y a la contaminación de los cuerpos de agua que quedan al sur del mismo (Tláhuac y Xochimilco), por lo que sólo mediante la restauración podría haberse recuperado algo de su riqueza original. Actualmente, el Lago de Texcoco es más importante que los otros dos cuerpos de agua mencionados para este Valle.
Por otra parte, la aridez del ex-Lago de Texcoco causó muchas tolvaneras en toda la ciudad de México y, en consecuencia, problemas de salud a la población. Además, el Lago de Texcoco ha sido escenario, causa y efecto del desequilibrio ambiental en la región. Tomando en cuenta que fue el mayor cuerpo de agua de la Cuenca, su aridez originó tales tensiones ambientales que exacerbaron muchos de los problemas generados en el Valle de México, producto de la dinámica social capitalina. Al respecto, se sabe que el crecimiento urbano ha llevado consigo a la destrucción masiva de la vegetación y la expansión de la mancha de la carpeta de asfalto y concreto que impide la filtración hacia el subsuelo y hace que los escurrimientos de las corrientes sean torrenciales y los picos de sus avenidas pronunciados, es por ello que a su paso arrastran suelo, basura y azolve, lo cual provoca desbordamientos e inundaciones.
Junto a la falta de filtración de los suelos existen factores determinantes que han influido en el rápido abatimiento de los niveles freáticos del subsuelo: la sobreexplotación de 500 pozos profundos, la expulsión de los excedentes de agua y la fuerte evaporación que se produce en el área, origina hundimientos en la zona de relleno ocupada por los lagos que se secaron, generando el asentamiento total de la ciudad. Actualmente, en la Ciudad de México se observa una diferencia de hasta tres metros por debajo del nivel del Lago de Texcoco, mismo que en otra época ocupó la parte más baja del Valle. Los efectos son visibles en la estructura urbana de la Ciudad y dado el carácter tectónico de la zona geográfica, se ha convertido en una zona riesgosa.
La población se ha extendido hacia las montañas circunvecinas y ha provocado una devastación intensiva y extensiva de bosques, montes y áreas agrícolas. Al mismo tiempo, se registran fallas sobre la explotación agropecuaria en las zonas de influencia del ex lago donde inciden cambios de uso de suelo, mala aplicación de técnicas agropecuarias como lo son el sobrepastoreo, prácticas de «roza, tumba y quema», así como incendios y plagas. La suma de estos sucesos llevó a la alteración del sistema hidrológico y, nuevamente, se presenta el fenómeno de ríos cada vez más torrenciales, turbulentos y erosivos que a su paso deslavan los suelos, forman cárcavas y barrancas cada vez más profundas y cuya última consecuencia es la desertificación de los terrenos.
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